Shinichi Kudo è un liceale di sedici anni (diciassette nel corso della serie) e, nonostante la giovane età , è un abilissimo investigatore che collabora spesso con la polizia, risolvendo casi molto intricati. Grande fan di Sherlock Holmes, sogna di emularne le imprese e di diventare lo "Sherlock Holmes del terzo millennio". Un giorno, recatosi con l'amica d'infanzia Ran Mouri ad un parco di divertimenti, assiste ad un sanguinoso caso di omicidio sulle montagne russe, riuscendo alla fine a risolverlo e a scovare il colpevole. Prima di tornare a casa assiste ad uno scambio d'affari sospetto tra due uomini vestiti completamente di nero, membri di una misteriosa "Organizzazione criminale". Preso da ciò che stava accadendo davanti ai suoi occhi, Shinichi non si accorge dell'arrivo di un altro membro alle sue spalle, e finisce col venire scoperto e catturato; essendo un testimone scomodo, i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli un veleno sperimentale chiamato Apotoxin-4869 (APTX 4869) che, invece di ucciderlo, lo ringiovanisce di 10 anni....
1°Stagione001 - Un Piccolo Grande Detective
002 - Una Nuova Vita
003 - Avventura Sul Set
004 - Codice Segreto: Il Pesce Che Brilla
005 - Esplosione Del Treno Super Veloce
006 - Il Caso Di San Valentino
007 - Un Regalo Al Mese
008 - Mistero Al Museo
009 - Il Festival Di Primavera
010 - Il Calciatore Ricattato
011 - Il Caso Della Sonata Al Chiaro Di Luna - 1°Parte - 2°Parte
012 - Una Bambina Da Salvare
013 - Dov'è papà ?
014 - Il messaggio misterioso
015 - Nessuna Traccia
016 - I duellanti
017 - Rapina ai grandi magazzini
018 - Oggi Sposi
019 - Paura In Ascensore
020 - La Casa Del Mistero
021 - Terrore Sul Set
022 - Una Crociera Da Brivido - 1°Parte
023 - Una Crociera Da Brivido - 2°Parte
024 - Il Mistero Della Bella Smemorata
025 - Il Rapimento
026 - Un Mistero Da Svelare
027 - Gita Nel Mistero - 1°parte
028 - Gita Nel Mistero - 2°Parte
029 - Misteri Al Computer
030 - Un Avvocato Nel Mistero
031 - Giallo In Diretta
032 - L'appuntamento Di Ran
033 - La Caccia Al Tesoro
034 - L'uomo Bendato - 1°Parte
035 - L'uomo Bendato - 2°Parte
036 - Chi Ha Paura Del Dentista
037 - Mistero A Tutta Velocità
038 - L'Amico Del Cuore
039 - La Giovane Ereditiera - 1°Parte
040 - La Giovane Ereditiera - 2°Parte
041 - Il Mistero Della Bandiera
042 - La Grande Festa
2°Stagione043 - Il Rapimento Di Conan
044 - Un Compleanno Esplosivo
045 - La Maschera Di Bellezza
046 - L'ultimo Messaggio
047 - Un Tuffo Nel Giallo
048 - Il Diplomatico - 1°Parte
049 - Il Diplomatico - 2°Parte
050 - Una Biblioteca Di Misteri
051 - Indagando Sul Campo Di Golf
052 - Il Mistero Del Tempio - 1°Parte -2°Parte
053 - Una Nuova Indagine Per Conan
054 - Chi è Il Colpevole?
055 - Mistero Sul Treno
056 - L' impresa Di Pulizia
057 - Il Club Di Sherlock Holmes - 1°Parte
058 - Il Club Di Sherlock Holmes - 2°Parte
059 - Shopping, Che Passione!
060 - Tra I Disegni Di Un Avventura
061 - Il Battello Incantato - 1°Parte
062 - Il Battello Incantato - 2°Parte (Decensurato)
063 - Ciak, Si Indaga
064 - Impronte Digitali (Decensurato)
065 - Indagando Nel Buio (Decensurato)
066 - Un Conto In Sospeso
067 - Indagini a Teatro
068 - Una Vacanza In Giallo - 1°Parte
069 - Una Vacanza In Giallo - 2°Parte
070 - Una Vacanza In Giallo - 3°Parte
071 - Lo Spione
072 - I Tre Fratelli Gemelli
073 - Il Messaggio In Bottiglia
074 - Un Eroe Dal Passato
075 - Tutta La Verità
076 - Il Ladro Della Perla Nera - 1°Parte -2°Parte
077 - Intrighi Di Famiglia - 1°Parte (Decensurato)
078 - Intrighi Di Famiglia - 2°Parte
079 - Rapina In Banca
080 - Doppia Identità
081 - Voci Scomparse - 1°Parte
082 - Voci Scomparse - 2°Parte
083 - Un Medico In Carriera (Decensurato)
084 - Vacanze Sulla Neve - 1°Parte (Decensurato)
085 - Vacanze Sulla Neve - 2°Parte
3°Stagione086 - Un Altro Caso Da Risolvere (Decensurato)
087 - Il Parco Delle Gru (Decensurato)
088 - La Villa Di Dracula - 1°Parte (Decensurato)
089 - La Villa Di Dracula - 2°Parte (Decensurato)
090 - L' artista Floreale (Decensurato)
091 - Un Ospedale Di Misteri
092 - Mr Mistero - 1°Parte (Decensurato)
093 - Mr Mistero - 2°Parte
094 - La Regina Delle Nevi
095 - L' alibi (Decensurato)
096 - Una Vita Di Avventure
097 - L' eredità (Decensurato)
098 - Il Genio Della Ceramica - 1°Parte
099 - Il Genio Della Ceramica - 2°Parte
100 - Il Mistero Del Primo Amore - 1°Parte (Decensurato)
101 - Il Mistero Del Primo Amore - 2°Parte (Decensurato)
102 - L' illusionista - 1°Parte
103 - L' illusionista - 2°Parte (Decensurato)
104 - La Casa Degli Orologi - 1°Parte (Decensurato)
105 - La Casa Degli Orologi - 2°Parte (Decensurato)
106 - Il Fotografo (Decensurato)
107 - Il Caso Dell' uomo Talpa - 1°Parte (Decensurato)
108 - Il Caso Dell' uomo Talpa - 2°Parte (Decensurato)
109 - Paura A Quattro Ruote (Decensurato)
110 - Lezioni Di Cucina - 1°Parte (Decensurato)
111 - Lezioni Di Cucina - 2°Parte (Decensurato)
112 - La scuola Stregata (Decensurato)
113 - Il Medico (Decensurato)
114 - I Sommozzatori - 1°Parte (Decensurato)
115 - I Sommozzatori - 2°Parte (Decensurato)
116 - Il Giallista Scomparso - 1°Parte (Decensurato)
117 - Il Giallista Scomparso - 2°Parte (Decensurato)
118 - Vent' anni Fà (Decensurato)
119 - La Matricola (Decensurato)
120 - Api E Miele (Decensurato)
121 - Le Due Sorelle - 1°Parte (Decensurato)
122 - Le Due Sorelle - 2°Parte (Decensurato)
123 - Che Tempo Fà? (Decensurato)
124 - L'assassino Misterioso - 1°Parte (Decensurato)
125 - L'assasinio Misterioso - 2°Parte (Decensurato)
126 - Delitto Dietro Le Quinte - 1°Parte (Decensurato)
127 - Delitto Dietro Le Quinte - 2°Parte (Decensurato)
128 - Rapina In Banca (Decensurato)